研究者業績
基本情報
- 所属
- 藤田医科大学 医学部 医学科 講師
- 学位
- 博士(工学)
- J-GLOBAL ID
- 201101048913430092
- researchmap会員ID
- B000000634
生命科学や医療情報を中心としたデータベースの開発に従事しています。
研究分野
1経歴
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2022年4月 - 現在
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2015年4月 - 2022年3月
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2012年10月 - 2015年3月
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2007年10月 - 2012年9月
論文
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Journal of the Endocrine Society 9(1) 2024年11月26日Abstract Context Oxytocin supplementation improves obstructive sleep apnea (OSA), and animal studies suggest involvement of oxytocin in respiratory control. However, the relationship between endogenous oxytocin signaling and human sleep status remains undetermined. Objective In this study, we approached the contribution of the intrinsic oxytocin-oxytocin receptor (OXTR) system to OSA by genetic association analysis. Methods We analyzed the relationship between OXTR gene polymorphisms and sleep parameters using questionnaire data and sleep measurements in 305 Japanese participants. OSA symptoms were assessed in 225 of these individuals. Results The OXTR rs2254298 A allele was more frequent in those with OSA symptoms than in those without (P = .0087). Although total scores on the Pittsburgh Sleep Quality Index questionnaire did not differ between the genotypes, breathlessness and snoring symptoms associated with OSA were significantly more frequent in individuals with rs2254298 A genotype (P = .00045 and P = .0089 for recessive models, respectively) than the G genotype. A multivariable analysis confirmed these genotype-phenotype associations even after adjusting for age, sex, and body mass index in a sensitivity analysis. Furthermore, objective sleep efficiency measured by actigraph was not significantly different between genotypes; however, subjective sleep efficiency was significantly lower in the rs2254298 A genotype (P = .013) compared with the G genotype. The frequency of the A allele is higher in East Asians, which may contribute to their lean OSA phenotype. Conclusion The OXTR gene may contribute to OSA symptoms via the respiratory control system, although it could be in linkage disequilibrium with a true causal gene.
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BioPsychoSocial medicine 18(1) 20-20 2024年10月2日BACKGROUND: Low-grade systemic inflammation may be a key player in the immune activation that has been reported for mental health deterioration. We hypothesised that elevated serum levels of inflammatory cytokines increase neuroinflammation and exacerbate depressive symptoms. METHODS: The participants were part of a cohort study for whom data was available for both 2015 and 2019. In 2015, blood samples were collected from 232 participants. Their depressive symptoms were assessed both 2015 and 2019 using the Centre for Epidemiologic Studies Depression Scale (CES-D) (n = 33). The multiplex immunoassay system (Luminex® 200) was used to measure the serum concentrations of IL-6, IL-10, IL-12, IL-17A and TNFα. Data were analysed using linear models with the level of significance considered to be p < 0.05. RESULTS: After controlling for age, BMI, smoking and alcohol consumption, in 2015 the serum concentrations of IL-17A and TNFα in 2015 were significantly positively associated with the CES-D scores of women (standardised β (B) = .027, p < 0.01 and B = 0.26, p < 0.01, respectively). The serum concentrations of IL-17A and TNFα of men were significantly positively associated with the CES-D scores of 2019 (B = 0.62, p = 0.02 and B = 0.59, p = 0.02, respectively). CONCLUSIONS: In this cross-sectional study, we found a significant positive correlation between the depressive symptoms and serum TNFα and IL-17A levels of women. In addition, our longitudinal findings suggest the possibility that TNFα and IL-17A could elevate the depressive symptoms of men.
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Journal of Nutritional Science 13 e45 2024年9月23日Abstract Although the relationship between dyslipidaemia (DL) and coronary artery disease (CAD) or between trace minerals intake and CAD is well known separately, the exact nature of this relationship remains unknown. We hypothesize that the relationship between trace mineral intake and CAD may differ depending on whether or not the individual has DL. The present study analysed the relationships among trace mineral intake, DL, and CAD in middle-aged and older adults living in Shika town, Ishikawa prefecture, Japan. This study included 895 residents following the exclusion of those with genetic risk carriers for familial hypercholesterolemia. Trace mineral intake was evaluated using the brief-type self-administered diet history questionnaire. Interactions were observed between DL and CAD with zinc (p = 0.004), copper (p = 0.010), and manganese intake (p < 0.001) in a two-way analysis of covariance adjusted for covariates such as sex, age, body mass index, and current smokers and drinkers. Multiple logistic regression analysis showed that zinc (odds ratio (OR): 0.752; 95% confidence interval (CI): 0.606, 0.934; p = 0.010), copper (OR: 0.175; 95% CI: 0.042, 0.726; p = 0.016), and manganese (OR: 0.494; 95% CI: 0.291, 0.839; p = 0.009) were significant independent variables for CAD in the dyslipidaemic group. The present results suggest that DL with a low trace mineral intake is associated with CAD. Further longitudinal studies are required to confirm this relationship.
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Frontiers in Molecular Neuroscience 17 1379089-1379089 2024年4月2日Protein phosphorylation, a key regulator of cellular processes, plays a central role in brain function and is implicated in neurological disorders. Information on protein phosphorylation is expected to be a clue for understanding various neuropsychiatric disorders and developing therapeutic strategies. Nonetheless, existing databases lack a specific focus on phosphorylation events in the brain, which are crucial for investigating the downstream pathway regulated by neurotransmitters. To overcome the gap, we have developed a web-based database named “Kinase-Associated Neural PHOspho-Signaling (KANPHOS).” This paper presents the design concept, detailed features, and a series of improvements for KANPHOS. KANPHOS is designed to support data-driven research by fulfilling three key objectives: (1) enabling the search for protein kinases and their substrates related to extracellular signals or diseases; (2) facilitating a consolidated search for information encompassing phosphorylated substrate genes, proteins, mutant mice, diseases, and more; and (3) offering integrated functionalities to support pathway and network analysis. KANPHOS is also equipped with API functionality to interact with external databases and analysis tools, enhancing its utility in data-driven investigations. Those key features represent a critical step toward unraveling the complex landscape of protein phosphorylation in the brain, with implications for elucidating the molecular mechanisms underlying neurological disorders. KANPHOS is freely accessible to all researchers at https://kanphos.jp.
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BMJ Open 14(2) e078129 2024年2月 査読有りOBJECTIVE: To investigate the relationship between oral frailty (OF), nutrient intake and calf circumference (CC) in middle-aged and older adults. DESIGN: Cross-sectional study. SETTING: Residents of four model districts of Shika town, Ishikawa Prefecture, Japan, using data from November 2017 to February 2018. PARTICIPANTS: One hundred and ninety-four residents aged ≥50 years in four model districts of Shika town. The OF total score ≥3 was defined as OF. Participants were divided into OF and non-OF groups and divided into the low-CC/kg and the high-CC/kg groups. OUTCOME MEASURES: The primary outcome is to use a two-way analysis of covariance to analyse the interaction between the two CC/kg groups and the two OF groups on nutrition intake. The secondary outcome is to use multiple regression analysis to investigate the nutrients significantly related to CC/kg when stratified by OF, with age, sex, body mass index, drinking status, smoking status and regular exercise as input covariates. RESULTS: A two-way analysis of covariance revealed a significant interaction between the two CC/kg groups and the two OF groups on animal protein intake (p=0.039). Multiple comparisons using the Bonferroni analysis revealed a significantly lower animal protein intake in the OF group than in the non-OF group with a low CC/kg (p=0.033) but not in the group with a high CC/kg. The multiple regression analysis stratified by OF revealed a positive correlation between animal protein intake and CC/kg (p=0.002). CONCLUSIONS: The present results revealed a significantly lower animal protein intake in the OF group than in the non-OF group in the low-CC/kg group, but no such difference was observed in the high-CC/kg group. Further longitudinal studies are needed to elucidate this relationship.
MISC
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日本薬理学会年会要旨集 92 1-P-132 2019年<p>Protein phosphorylation is a major and essential post-translational modification in eukaryotic cells that plays a critical role in various cellular processes. While recent advances in mass spectrometry based proteomics allowed us to identify approximately 200,000 phosphorylation sites, it is not fully understood which sites are phosphorylated by a specific kinase and which extracellular stimuli regulate the protein phosphorylation via intracellular signaling cascades. Recently, we have developed an in vitro approach termed the kinase-interacting substrate screening (KISS) method and an in vivo approach termed kinase-oriented substrate screening (KIOSS) method. Using KIOSS method, we analyzed the phosphorylation signals downstream of dopamine in mouse striatal slices, and found that about 100 proteins including ion channels and transcription factors were phosphorylated probably by PKA or MAPK. Here, we present an on-line database system which provides the phosphorylation signals identified by our KISS and KIOSS methods as well as those previously reported in the literature. The database system and its web portal, named KANPHOS (Kinase-Associated PHOspho-Signaling), were built based on the Next Generation XooNIps. We also demonstrate how to retrieve proteins and pathways in striatal medium-sized spiny neurons modulated by extracellular dopaminergic stimulation.</p>
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日本生化学会大会プログラム・講演要旨集 91回 [2P-391] 2018年9月
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Neuroinformatics 2017 D1 2017年8月
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日本細胞生物学会大会講演要旨集 69回 83-83 2017年5月
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Trends Pharmacol. Sci. 37 858–871 2016年10月 査読有り招待有り
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MOLECULAR BIOLOGY OF THE CELL 27 2016年
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Front. Neurosci. Conference Abstract: Neuroinformatics 2015 2015年8月
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生体医工学 53 S147_03-S147_03 2015年To develop a large scale model of brain or organs of living matter, collaboration of neuroscientists specialized in those fields and integration of multiple lines of evidence into a large scale model are necessary. To implement this strategy, we have been developed PLATO (latform for the collaborative brain system modeling) where the neuroscientists enable to collaboratively make a large scale model. The PLATO consists of data management tool to search and gather resources for model development from neuroinformatics platforms in the world, the data-oriented model integration library with a graphical user interface editor, and simulation agent. The PLATO enables users to integrate and to reuse newly developing and existing sub-system models by minimum changes in the program codes with plug-in/out way for development and simulation of a large scale model. Here we introduce the features of the PLATO, a use case in a large scale modeling of visual system, and its simulation results intended for the effect of miniature eye movement on retinal signal processing using the K computer. From those results, we discuss the state of a large scale modeling in near future in the symposium.
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電子情報通信学会技術研究報告 = IEICE technical report : 信学技報 114(226) 61-65 2014年9月25日シーンを認識する際,対象物に視線を停留させる注視という眼球運動が伴う.注視時には,ドリフト,マイクロサッカードならびにトレマーと呼ばれる微小眼球運動が付随するが,こうした眼球運動が視覚機能に与える影響については,未だに不明な部分が多い.本研究では,生理・解剖学的知見に基づいて眼球運動系,眼光学系,網膜視細胞層からなる詳細な数理モデルを構築し,微小眼球運動が視細胞層の情報処理に与える影響を評価した.構築した数理モデルにより静止画シーンの注視をシミュレートし,このときの視細胞層応答の情報量を評価した.その結果,微小眼球運動により視細胞層応答に反映される静止画シーンの情報量,特に外界のエッジに対する情報量が増加すること明らかになった.
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Front. Neuroinform. Conference Abstract: 5th INCF Congress of Neuroinformatics 2014年
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研究報告バイオ情報学(BIO) 2012(2) 1-6 2012年6月21日脳全体をシステムとして理解するためには,特定の領域・機能だけを記述・再現するサブモデルではなく大規模脳数理モデルを構築する必要がある.我々は,大規模脳数理モデルをスクラッチから構築し直すのではなく,これまで蓄積されてきたサブモデル,および多くの研究者が構築している数理モデルをうまく統合することによって,大規模脳数理モデルを共同開発するプラットフォームを開発した.プラットフォームは,統一データ規約による大規模数理モデル開発支援ライブラリ PLATONIC と GUI によるモデル統合開発環境 PLATO IDEA によって構成される.In order to understand details of brain function, each sub-system model, which is focused on specific functional areas in the brain, needs to be integrated toward a large-scale brain system model. Our aim is to build a large-scale brain model not from scratch but by integrating sub-system models that have been built and accumulated so far by many researchers. Therefore we have developed a platform for integrating large-scale brain model from sub-system models. This platform includes a data-oriented model integration library named PLATO Network Interface Class Library (PLATONIC) and an integrated development environment based on graphical user interface (PLATO IDEA).
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電子情報通信学会技術研究報告. NC, ニューロコンピューティング 112(108) 7-12 2012年6月21日脳全体をシステムとして理解するためには,特定の領域・機能だけを記述・再現するサブモデルではなく大規模脳数理モデルを構築する必要がある.我々は,大規模脳数理モデルをスクラッチから構築し直すのではなく,これまで蓄積されてきたサブモデル,および多くの研究者が構築している数理モデルをうまく統合することによって,大規模脳数理モデルを共同開発するプラットフォームを開発した.プラットフォームは,統一データ規約による大規模数理モデル開発支援ライブラリPLATONICとGUIによるモデル統合開発環境PLATO IDEAによって構成される.
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Front. Neuroinform. Conference Abstract: 4th INCF Congress of Neuroinformatics 2011年
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Front. Neuroinform. Conference Abstract: 4th INCF Congress of Neuroinformatics 2011年
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電子情報通信学会技術研究報告. NC, ニューロコンピューティング 108(480) 37-42 2009年3月4日これまで,脳の数理モデルは細胞レベルや領野あるいは個々の現象に着目したものが多く,脳全体をシステムとして理解するためには,それぞれの数理モデルを結合し,システムとしての大規模なシミュレーション研究を行う必要がある.そこで我々は,統合開発環境であるEclipseのプラグインとして,複数の数理モデルとそれに関連する実験データ・論文PDFなどを効率よく管理するためのデータベースConciergeプラグインと,統一されたデータフォーマットによる数理モデル開発を可能にするnetCDF-NIプラグインなどの共同開発プラットフォーム構築を開始したのでその概要を報告する.
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電子情報通信学会技術研究報告. NC, ニューロコンピューティング 107(542) 31-36 2008年3月5日研究者は,実験はもとよりプレゼンテーションの作成や論文の執筆に至るまで,常日頃からデジタルファイルを利用しており,日々生み出されるファイルの管理に多くの時間と手間を費やしている.Conciergeは,デジタル化された研究資産の管理,検索,整理する機能を提供することにより,ファイル管理の効率を大幅に高めたソフトウェアであり,Eclipse Rich Client Platformをベースとしたオープンソースプロジェクトとして開発されている.また,全ての機能がプラグインで実装されているため,高い拡張性と柔軟性を実現している.本稿では,Conciergeに用意されているプラグインの中から,研究日誌機能やXooNIpsとの連携について,具体例を中心に紹介する.
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電子情報通信学会論文誌. D, 情報・システム = The IEICE transactions on information and systems (Japanese edition) 91(2) 497-503 2008年2月1日刺激切換わりタイミングの違いによって引き起こされる図地分離がぼけ順応に与える影響を調べた.低域フィルタによってぼかしたホワイトノイズ画像の直径2degのスポット領域とそれ以外の領域を図地分離が生ずるように時間周波数5Hz,切換わりタイミング差0.1秒で提示し,これを順応刺激として被験者に5分間観察させた.順応の後,同様の低域フィルタによってぼかしたランドルト環をテスト刺激として提示し,その方位識別正答率をぼけ順応効果として計測した.その結果,局所的な網膜像の時空間周波数特性は同じであるにもかかわらず,順応中にスポット領域が知覚された場所のぼけ順応効果が他に比べ有意に大きかった.また,順応中にスポット領域を提示する時間を短くするとこうした順応効果の差が消失した.これは図領域に対する順応が地領域に比べ促進されることを示唆している.
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電子情報通信学会論文誌D: 情報・システム 90(7) 1812-1819 2007年7月ぼけ画像に対する順応が視覚系の空間周波数伝達特性に与える影響を調べた。実験では、近視または正乱視、不正乱視を模擬したフィルタでぼかしたスネレン文字の読取り正答率を、同じように各屈折異常を模擬したフィルタでぼかした自然画像に順応させた後に測定した。その結果、スネレン文字及び順応刺激を同じフィルタでぼかしたとき、正答率が有意に向上することが明らかになった。これは、ぼけ画像への順応により、そのぼけの原因となる眼光学系の逆フィルタが視覚系に獲得され、知覚されるぼけ量が軽減することを示唆している。その効果は更に、フィルタの位相特性が非直線であるような複雑なぼけに対しても有効であり、古典的な局所コントラスト順応では説明できない新しい視知覚現象である可能性が高い。(著者抄録)
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電子情報通信学会技術研究報告. NC, ニューロコンピューティング 106(590) 7-10 2007年3月9日刺激切り替わりタイミングの違いによって引き起こされる図地分離がぼけ順応に与える影響を調べた.ローパスフィルタによってぼかしたホワイトノイズ画像の直径2degのスポット領域とそれ以外の領域を時間周波数5Hz,切り替わりタイミング差0.1秒で提示し,これを順応刺激として被験者に5分間観察させた.順応の後,同様のローパスフィルタによってぼかしたランドルト環をテスト刺激として提示し,その方位識別正答率をぼけ順応効果として計測した.その結果,局所的な網膜像の時空間周波数特性は同じであるにも関わらず,順応中にスポット領域が知覚された場所のぼけ順応効果が他に比べ有意に大きかった.また,順応中にスポット領域を提示する時間を短くするとこうした順応効果の差が消失した.これは図領域に対する順応が地領域に比べ促進されることを示唆している.
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電子情報通信学会技術研究報告. NC, ニューロコンピューティング 104(760) 53-57 2005年3月23日ぼけ画像に対する順応が視覚系の空間周波数伝達特性に与える影響を調べた.実験では, 特定の屈折異常を模擬したフィルタでぼかしたスネレン文字の読取り正答率を順応条件ごとに測定・比較した.その結果, 文字および順応刺激を同じフィルタでぼかしたとき, 正答率が有意に向上することが明らかになった.これは, ぼけ画像への順応により, そのぼけの原因となる眼光学系の逆フィルタが視覚系に獲得され, 知覚されるぼけ量が軽減することを示唆している.その効果はさらに, 非直線位相特性を有するフィルタによるぼけに対しても有効であり, 古典的な局所コントラスト順応では説明できない新しい視知覚現象である可能性が高い.
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電子情報通信学会技術研究報告 103(490) 25-29 2003年12月8日これまでの研究によって,視覚情報処理過程における,屈折異常を補償する機構の存在が示唆されている.本研究では,視覚情報処理過程において獲得される,球面収差や非点収差,さらにはコマ収差のような高次収差を補償する機構が,知覚される網膜像のぼけを軽減するという仮説を検証することを目的とし,様々な順応条件下で,ぼけを含んだスネレン文字に対する読み取り視力を比較した.その結果,1次元ガウスフィルタによってぼけを付加したノイズ画像に順応することで,同じフィルタを施した文字に対する視力が向上し,直交する方向のぼけフィルタを施した文字に対する視力は向上しないことが示された.また,位相ずれを含んだ自然画像に対して順応した場合は,同じ位相ずれを含んだ文字に対する視力が向上することが示された.これらの結果は,我々の視覚系に,近視だけでなく正乱視や不正乱視による網膜像のぼけを補償する機構が獲得されたことを示唆しており,本研究の仮説を強く支持している.
共同研究・競争的資金等の研究課題
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日本学術振興会 科学研究費助成事業 国際共同研究加速基金(国際共同研究強化(B)) 2019年10月 - 2023年3月
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日本学術振興会 科学研究費助成事業 挑戦的研究(萌芽) 2019年6月 - 2021年3月
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日本学術振興会 科学研究費助成事業 挑戦的研究(萌芽) 2017年6月 - 2019年3月