研究者業績

国田 勝行

Katsuyuki KUNIDA

基本情報

所属
藤田医科大学 医学部 情報生命科学 准教授
(兼任)精神・神経病態解明センター 計算科学部門 准教授
(兼任)キャリア教育センター 副センター長
学位
博士(医学)(京都大学)

連絡先
katsuyuki.kunidafujita-hu.ac.jp
J-GLOBAL ID
201701001948114655
researchmap会員ID
B000284473

外部リンク

数理科学・数理工学の解析手法を基盤に、生物学・医学におけるさまざまな課題に取り組んでいます。細胞の移動、増殖、分化といった多様な機能を支える分子ネットワーク(タンパク質活性、遺伝子発現、代謝変動)の同定と制御を目指しています。さらに、データ数が限られる希少疾患を対象に、スモールデータ解析を活用した病態予測モデルの構築やリスク因子探索にも取り組んでいます。


論文

 36

MISC

 3
  • Toshiya Kokaji, Kenta T Suzuki, Katsuyuki Kunida, Yuichi Sakumura
    bioRxiv 2026年6月16日  
    Gene regulatory network inference is widely used to reconstruct large-scale networks and identify functional genes from transcriptome data. Meanwhile, in many biological fields, core regulatory genes have been extensively studied, leading to the establishment of small-scale gene regulatory networks, and novel genes connected to these networks remain to be identified. However, methods for expanding existing gene networks by identifying novel regulatory interactions, rather than reconstructing the entire network, are not well established. Here, we propose a method for gene network expansion that incorporates known regulatory relationships and evaluates each candidate gene individually to infer its regulatory connections to the existing network. Using simulated datasets from the DREAM4 benchmark and the PRECISE-1K experimental dataset, our method outperformed conventional methods by incorporating prior knowledge. In particular, it improved the ability to distinguish true regulatory interactions from indirect associations arising from strong correlations among genes in the existing network. The method also showed strong performance for interactions involving genes with high outdegree or centrality. Furthermore, it maintained stable performance as the size of the existing network increased and was robust to noise in prior information. These results demonstrate that our method provides an effective framework for expanding existing gene regulatory networks by leveraging prior knowledge.
  • Chen Xing, Yuichi Sakumura, Toshiya Kokaji, Katsuyuki Kunida, Noriaki Sasai
    bioRxiv 2024年8月  
  • Tomoki Ohkubo, Haruyuki Kinoshita, Toshiro Maekawa, Katsuyuki Kunida, Hiroshi Kimura, Shinya Kuroda, Teruo Fujii
    bioRxiv 2018年10月  

講演・口頭発表等

 52

主要な担当経験のある科目(授業)

 12

共同研究・競争的資金等の研究課題

 8

メディア報道

 7

その他

 2
  • 細胞機能(増殖・分化、移動、分裂)を制御する分子ネットワーク同定と操作、 細胞バイオプロセスにおける目的物質収量の最大化、 希少疾患の病態進行予測とリスク因子同定(バイオマーカーの探索)
  • 細胞画像解析アルゴリズム、トランスオミクス解析、多変量解析(モデル回帰、クラスタリング、次元圧縮など)、ネットワーク解析、時系列解析、力学系解析、最適制御設計