医学部 教養
基本情報
- 所属
- 藤田医科大学 医学部 情報生命科学 准教授(兼任)精神・神経病態解明センター 計算科学部門 准教授(兼任)キャリア教育センター 副センター長
- 学位
- 博士(医学)(京都大学)
- 連絡先
- katsuyuki.kunida
fujita-hu.ac.jp - J-GLOBAL ID
- 201701001948114655
- researchmap会員ID
- B000284473
- 外部リンク
数理科学・数理工学の解析手法を基盤に、生物学・医学におけるさまざまな課題に取り組んでいます。細胞の移動、増殖、分化といった多様な機能を支える分子ネットワーク(タンパク質活性、遺伝子発現、代謝変動)の同定と制御を目指しています。さらに、データ数が限られる希少疾患を対象に、スモールデータ解析を活用した病態予測モデルの構築やリスク因子探索にも取り組んでいます。
主要な経歴
12-
2024年4月 - 現在
-
2021年4月 - 2024年3月
-
2017年9月 - 2021年3月
-
2014年4月 - 2017年8月
-
2012年10月 - 2014年3月
主要な委員歴
5-
2024年 - 現在
-
2024年 - 現在
-
2017年 - 現在
受賞
2論文
36-
Scientific Reports 2026年4月24日 査読有り責任著者Background: Fulminant myocarditis (FM) is a rare but life-threatening pediatric condition that rapidly progresses to cardiogenic shock and fatal arrhythmias. Early identification of prognostic biomarkers is vital for timely intervention and better outcomes. Although inflammatory cytokines contribute to FM pathogenesis, their prognostic value remains unclear. This study aimed to identify mortality-associated markers by integrating cytokine profiles and clinical variables through a machine learning approach.Methods: We retrospectively analyzed 21 pediatric FM cases from two tertiary centers (2012-2022). At admission, 37 cytokines and 14 clinical parameters were assessed. Partial least squares discriminant analysis was employed to identify prognostic features, with variable importance in projection scores quantifying their contribution. Model performance was evaluated using leave-one-out cross-validation. Statistical significance was determined via the Benjamini-Hochberg method at a false discovery rate of 0.05.Results: Of the 51 features analyzed, 23 emerged as key predictors with variable importance in projection scores above 1.0, including 20 cytokines and three clinical parameters. Six cytokines (TNFーα, M-CSF, MIP-1α, IL-8, IL-6, and IL-15) were both statistically significant and highly important. Elevated CK-MB and lactate levels and lower pH were also linked to poor outcomes. The model performed robustly, with an AUC of 0.92, 85.7% accuracy, 92.9% sensitivity, and 71.4% specificity.Conclusions: TNF-α emerged as a key cytokine linked to mortality in pediatric FM, supporting its role as a prognostic biomarker and potential therapeutic target.
-
Scientific Reports 15(1) 2025年7月2日 査読有り
-
Scientific Reports 14(27252) 2024年11月 査読有り最終著者
-
Pediatric Cardiology 2024年3月13日 査読有り
MISC
3-
bioRxiv 2026年6月16日Gene regulatory network inference is widely used to reconstruct large-scale networks and identify functional genes from transcriptome data. Meanwhile, in many biological fields, core regulatory genes have been extensively studied, leading to the establishment of small-scale gene regulatory networks, and novel genes connected to these networks remain to be identified. However, methods for expanding existing gene networks by identifying novel regulatory interactions, rather than reconstructing the entire network, are not well established. Here, we propose a method for gene network expansion that incorporates known regulatory relationships and evaluates each candidate gene individually to infer its regulatory connections to the existing network. Using simulated datasets from the DREAM4 benchmark and the PRECISE-1K experimental dataset, our method outperformed conventional methods by incorporating prior knowledge. In particular, it improved the ability to distinguish true regulatory interactions from indirect associations arising from strong correlations among genes in the existing network. The method also showed strong performance for interactions involving genes with high outdegree or centrality. Furthermore, it maintained stable performance as the size of the existing network increased and was robust to noise in prior information. These results demonstrate that our method provides an effective framework for expanding existing gene regulatory networks by leveraging prior knowledge.
講演・口頭発表等
52-
第63回日本生物物理学会年会 2025年9月24日
主要な担当経験のある科目(授業)
12-
2025年 - 現在バイオモデリング (奈良先端大)
-
2023年 - 現在
-
2022年 - 現在アセンブリⅢ (藤田医大)
-
2021年 - 現在基礎データサイエンス (藤田医大)
所属学協会
5共同研究・競争的資金等の研究課題
8-
日本学術振興会 科学研究費補助金 基盤研究C(耳鼻咽喉科学関連) 2026年4月 - 2030年3月
-
日本学術振興会 科学研究費補助金 基盤研究C(生命、健康および医療情報学関連) 2026年4月 - 2029年3月
-
北海道大学遺伝子病制御研究所 一般共同研究 2024年4月 - 2025年3月
-
日本学術振興会 科学研究費補助金 若手研究(生命、健康および医療情報学関連) 2019年4月 - 2023年3月
-
NAIST 次世代融合領域研究推進プロジェクト 2019年6月 - 2021年3月
主要な学術貢献活動
9メディア報道
7-
AAAS(American Association for the Advancement of Science) AAAS(American Association for the Advancement of Science) 2024年12月
-
日本の研究.com 日本の研究.com 2024年11月 インターネットメディア
-
AAAS(American Association for the Advancement of Science) EurekAlert! 2023年10月12日 インターネットメディア
-
Mary Ann Liebert, Inc. Genetic Engineering & Biotechnology News (GEN) 2023年10月 新聞・雑誌